La extensión libxml está habilitada por defecto, aún asi es posible deshabilitarla con la directiva --disable-libxml.
La directiva --with-libxml-dir opcional es utilizada para especificar la ubicación de libxml dentro del sistema en el que PHP está siendo compilado, de lo contrario solo las ubicaciones por defecto son escaneadas. El proceso configure chequea por libxml (específicamente, xml2-config) en el siguiente orden:
La ubicación ([DIR]) especificada con --with-libxml-dir ([DIR]=/bin/xml2-config)
/usr/local/bin/xml2-config
/usr/bin/xml2-config
Si configure no puede encontrar xml2-config en el directorio especificado por --with-libxml-dir, entonces continuará y comprobará las ubicaciones por defecto.