En PHP 5 hubo algunos cambios en los nombres de ficheros CLI y CGI. En PHP 5, se renombró la versión CGI a php-cgi.exe (anteriormente php.exe) y ahora la versión CLI se encuentra en el directorio principal (anteriormente cli/php.exe).
En PHP 5 también se introdujo un nuevo modo: php-win.exe. Es igual que la versión CLI, excepto que php-win no muestra ninguna salida, y por tanto no lanza una consola (no lanza una ventana "dos"). Es un comportamiento similar al de php-gtk.
En PHP 5, la versión CLI siempre crea las variables globales $argv y $argc independientemente de cualquier directiva en php.ini. Incluso si se tuviera register_argc_argv en off, no afectaría a CLI.
Revise también el manual de referencia en línea de comandos.