Los archivos basados en el formato de fichero zip soportan varias característica incorporadas del formato de fichero zip. La metainformación por fichero y del archivo entero es almacenda en el comentario del fichero zip y en el comentario del archivo zip como una cadena serializada. Los comentarios zip preexistentes serán leídos de manera satisfactoria como una cadena. La lectura/escritura de la compresión por fichero está soportada con la compresión zlib, y el acceso a lectura está soportado con la compresión bzip2. No existe límite en el número de ficheros que un archivo phar basado en zip puede contener. Los directorios vacíos son almacenados en el archivo zip como ficheros con una barra al final, como mi/directorio/